09■高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenome®（ゲゲゲノム）」を株式会社レトリバが商用化当センターの内藤雄樹特任助教らが開発したGGGenomeは、ゲノムや転写産物などの塩基配列を簡便かつ高速に検索することのできるソフトウェアです。ウェブブラウザ上で利用できるツールとして当センターより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することができます。しかしGGGenomeウェブ版は、情報管理上企業等の利用者が秘匿配列を検索することが難しいという問題がありました。そこで、GGGenomeウェブ版と同様の検索を企業等の保有するコンピュータ上で実行可能な「GGGenomeパッケージ版」が、株式会社レトリバより発売されました。株式会社レトリバはこれまでGGGenomeの内部の文字列検索エンジンを開発しており、この文字列検索エンジンと、当センターがオープンソースとして公開するGGGenomeのフロントエンドプログラムを利用し、コンテナ型仮想化技術であるDockerを用いてGGGenomeパッケージ版を開発することに■ゲノム編集のためのガイドRNA設計ソフトウェア「CRISPRdirect®」を株式会社レトリバが商用化当センターの内藤雄樹特任助教らが開発したCRISPRdirectは、CRISPR-Cas9システムによるゲノム編集に利用可能な特異性の高いガイドRNAを設計することのできるソフトウェアです。ウェブブラウザ上で利用できるツールとしてDBCLSより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することより、商用化が実現されたものです。 なお、株式会社レトリバによるGGGenomeパッケージ版の発売後も、当センターが公開するGGGenomeウェブ版は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できます。ができます。しかしCRISPRdirectウェブ版は、ガイドRNAの設計やオフターゲット候補サイトの検索がDBCLSの保有するサーバ上で実行されるため、企業等の利用者が秘匿情報を含む遺伝子や塩基配列を入力することが情報管理の面で難しいという問題がありました。そこで、CRISPRdirectウェブ版と同様のガイドRNA設計やオフターゲット候補サイトの検索を企業等の保有するコンピュータ上で実行可能な「CRISPRdirectパッケージ版」が、株式会社レトリバより発売されました。株式会社レトリバは、CRISPRdirectのなかでオフターゲット候補サイトの検索に利用されている塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeの内部の文字列検索エンジンを開発してきました。この文字列検索エンジンと、当センターがオープンソースとして公開するGGGenomeおよびCRISPRdirectのフロントエンドプログラムを利用し、コンテナ型仮想化技術であるDockerを用いてCRISPRdirectパッケージ版を開発することにより、商用化が実現されたものです。 なお、株式会社レトリバによるCRISPRdirectパッケージ版の発売後も、当センターが公開するCRISPRdirectウェブ版は商用・非商用を問わず無償で自由に利用できます。https://ds.rois.ac.jp/https://ds.rois.ac.jp/詳細はこちらをご覧ください詳細はこちらをご覧くださいデータサイエンス共同利用基盤施設データサイエンス共同利用基盤施設共同研究成果である塩基配列検索ソフトウェアを、要素技術の一部を持つ会社が商用パッケージ化 ライフサイエンス統合データベースセンター 令和元年度共同研究成果であるゲノム編集のためのソフトウェアを、要素技術の一部を持つ会社が商用パッケージ化 ライフサイエンス統合データベースセンター 令和2年度
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